Blockveranstaltung: Introduction to image processing in biology with ImageJ and FIJI - online course - Details

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Allgemeine Informationen

Veranstaltungsname Blockveranstaltung: Introduction to image processing in biology with ImageJ and FIJI - online course
Untertitel
Veranstaltungsnummer 340066
Semester SoSe 2020
Aktuelle Anzahl der Teilnehmenden 8
maximale Teilnehmendenanzahl 15
Heimat-Einrichtung Göttinger Graduiertenzentrum für Neurowissenschaften, Biophysik und molekulare Biowissenschaften (GGNB)
beteiligte Einrichtungen Georg-August University School of Science (GAUSS) (für Mathematik und Naturwissenschaften)
Veranstaltungstyp Blockveranstaltung in der Kategorie Lehre
Erster Termin Mittwoch, 13.05.2020 09:00 - 23:59
Art/Form
Teilnehmende Target group: GGNB and GAUSS doctoral students.
Lernorganisation The course will take place online, the link will be provided by course instructor Mišo Mitkovski: <mitkovski@em.mpg.de>
ECTS-Punkte 1.5

Räume und Zeiten

Keine Raumangabe
Mittwoch, 13.05.2020 09:00 - 23:59
Donnerstag, 14.05.2020 09:00 - 23:59
Freitag, 15.05.2020 09:00 - 23:59

Kommentar/Beschreibung

The course will last 7-8 h/day.


An ever-increasing amount of biological events can be acquired by means of micro- or nanoscopy and quantified with a growing array of open source software. A well-designed experiment may yield spatiotemporal information regarding events taking place at the cellular or molecular level. A proper evaluation thereof requires understanding of what an image is, how it is generated and what subsequent processing methods are available. A major aim of the course is to make participants aware of resources they can use to educate themselves toward successful experimental design, image acquisition and analysis.

The main underlying motivation for the course is the quantification of biological events through analysis of images generated with a microscope. The freely available "ImageJ" (<http://rsbweb.nih.gov/ij/>) and its "FIJI" variant (<http://fiji.sc>) are some of the several open-source applications that will be introduced towards this goal. First, the components of an image will be discussed, as well as the frequently used image types within their appropriate context. Basic concepts such as lookup tables, image calibration or the creation of multi-channel (overlay) images will be explained along with several standard situations that a microscope user is faced with on the road toward publication. Examples of basic image arithmetic and further image processing related to image stacks (i.e. time series) and 3D reconstruction will be introduced. More advanced topics will include the modification of ImageJ installs to suit the respective need. A third of the course will be dedicated to the ImageJ macro/programming language with the goal to automatically process and quantify a large amount of images. Other open source alternatives, such as "Cell Profiler" (<http://cellprofiler.org/>) or "ilastik" (<http://ilastik.org/>) will be introduced briefly.

Students attending the course may suggest related topics they wish to have covered.  IMPORTANT: The course aims to give students without experience in image processing a way to enter the field.

Anmelderegeln

Diese Veranstaltung gehört zum Anmeldeset "GGNB_Methods_2020_SoSe_February_April".
You can register and sign out for courses in April from 1-20 February. The slots will be assigned around 25 February.
In exceptional circumstances, you can still sign out before 29 February.
Your participation becomes binding on 1 March. Thereafter, cancellation is only possible with a) sick certificate, or b) statement by supervisor. If you do not provide this, you will be banned from courses for the current and next semester, as well as travel grants and other financial support.
By signing up you agree to frequently check your student e-mail account, as all information on courses will exclusively be sent to that account.
Folgende Regeln gelten für die Anmeldung:
  • Mindestens eine der folgenden Bedingungen muss zur Anmeldung erfüllt sein:
    • Abschluss ist Promotionsprogramm
    • Abschluss ist Promotionsstudiengang
    • Abschluss ist PromProgramm Cotutelle
    • Abschluss ist Promotion m.Abschlussprfg
  • Die Anmeldung ist möglich von 01.02.2020, 00:00 bis 20.02.2020, 23:59.
  • Mindestens eine der folgenden Bedingungen muss zur Anmeldung erfüllt sein:
    • Studienfach ist PhysicsBiologComplexSyste
    • Studienfach ist Geography
    • Studienfach ist Mathematical Sciences
    • Studienfach ist Geographie
    • Studienfach ist Environmental Informatics
    • Studienfach ist Biomol:Struc-Func-Dynamic
    • Studienfach ist Chemie
    • Studienfach ist Emerging Infect. Diseases
    • Studienfach ist Microbiology-Biochemistry
    • Studienfach ist Geoscience
    • Studienfach ist Molekulare Biologie
    • Studienfach ist Environmental Informatics
    • Studienfach ist Behavior and Cognition
    • Studienfach ist Biologische Diversität und Ökologie
    • Studienfach ist Genome Science
    • Studienfach ist Theoret Computat Neurosci
    • Studienfach ist Genes in Development, Disease and Evolution
    • Studienfach ist Catalysis Sust.Synt.CaSuS
    • Studienfach ist Neurowissenschaften
    • Studienfach ist IRTG 2172 - PRoTECT
    • Studienfach ist Physik
    • Studienfach ist Umweltinformatik
    • Studienfach ist Molekulare Medizin
    • Studienfach ist Systems Neuroscience
    • Studienfach ist MolecularBiology of Cells
    • Studienfach ist MetalSites i.Biomolecules
    • Studienfach ist Computer Science -PCS-
    • Studienfach ist SensoryMotor Neuroscience
    • Studienfach ist BioNutz-MolwissBiotechnol
    • Studienfach ist Materialforschung Holz
    • Studienfach ist Biologie
    • Studienfach ist MolecularPhysi oftheBrain
  • Es wird eine festgelegte Anzahl von Plätzen in den Veranstaltungen verteilt.
    Die Plätze in den betreffenden Veranstaltungen wurden am 29.02.2020 um 23:59 verteilt. Weitere Plätze werden evtl. über Wartelisten zur Verfügung gestellt.
  • Die Anmeldung zu maximal 2 Veranstaltungen des Anmeldesets ist erlaubt.
Veranstaltungszuordnung:

Anmeldemodus

Die Anmeldung ist verbindlich, Teilnehmende können sich nicht selbst austragen.