Blockveranstaltung: Next Generation Sequencing (NGS) - Analysis of RNAseq and ChIPseq data - Details

Blockveranstaltung: Next Generation Sequencing (NGS) - Analysis of RNAseq and ChIPseq data - Details

Nachrichtenbox schließen
Sie sind nicht in Stud.IP angemeldet.

Allgemeine Informationen

Veranstaltungsname Blockveranstaltung: Next Generation Sequencing (NGS) - Analysis of RNAseq and ChIPseq data
Untertitel
Veranstaltungsnummer 340208
Semester WiSe 2022/23
Aktuelle Anzahl der Teilnehmenden 10
maximale Teilnehmendenanzahl 7
notwendige Teilnehmeranzahl 4
Heimat-Einrichtung Georg-August University School of Science (GAUSS) (für Mathematik und Naturwissenschaften)
beteiligte Einrichtungen Göttinger Graduiertenzentrum für Neurowissenschaften, Biophysik und molekulare Biowissenschaften (GGNB)
Veranstaltungstyp Blockveranstaltung in der Kategorie Lehre
Erster Termin Montag, 21.11.2022 09:15 - 11:00
Art/Form
Teilnehmende Target group: GGNB and GAUSS doctoral students.
Voraussetzungen The course will take place in presence. Depending on the Covid situation, we may offer more places for the course (up to 15).

Räume und Zeiten

Keine Raumangabe
Montag, 21.11.2022 09:15 - 11:00
Dienstag, 22.11.2022 09:15 - 11:00
Mittwoch, 23.11.2022 09:15 - 11:00

Studienbereiche

Kommentar/Beschreibung

In this 3 day course we will give a general introduction to recent advances in sequencing technologies (next generation sequencing, NGS) and the respective fields of application. In hands-on training sessions the participants will be guided through typical analysis pipelines for differential gene expression, de novo assembly of transcriptomes and ChIP-seq datasets.

 

Monday 21 November 2022 - Topic: de novo Assembly

Room: CIP, Medical Statistics, Humboldtallee 32

9:15-10:00            Lecture: Introduction to NGS technologies and applications (Nico Posnien)

10:05-10:50         Lecture: Introduction to de-novo assembly (DNA, RNA) (Nico Posnien)

10:55:11:40          Lecture: Basics of graph theory (DeBruijn Graphs, etc) (Tim Beißbarth)

11:40-12:00         Discussions/Questions

12:00-13:30         Lunch

Room: CIP, Medical Statistics, Humboldtallee 32

13:30-16:30         Practical part: de-novo Transcriptome Assembly (Nico Posnien)

 

Tuesday 22 November 2022 - Topic: RNA-Seq

Room: CIP, Medical Statistics, Humboldtallee 32

9:15-10:00            Lecture: Mapping Algorithms (Maksims Fiosins)

10:05-10:50         Lecture: Statistical analysis of RNA-seq data (Tim Beißbarth)

10:55-11:40         Lecture: Quality control, databases and tools for annotation of NGS data (Maksims Fiosins)

11:40-12:00         Discussion/Questions

12:00-13:30         Lunch

Room: CIP, Medical Statistics, Humboldtallee 32

13:30-16:30         Practical part: RNA-seq Mapping and Counting (Tim Beißbarth)

 

Wednesday 23 November 2022 - Topic: ChIP-Seq

Room: CIP, Medical Statistics, Humboldtallee 32

9:15-10:00            Lecture: Introduction to ChIP-seq (Nico Posnien)

10:05-10:50         Lecture: Peak-Detection and algorithms in ChIP-seq analysis (Maksims Fiosins)

10:55-11:40         Lecture: Motif search (Tim Beißbarth)

11:40-12:00         Discussion/Questions

12:00-13:30         Lunch

Room: CIP, Medical Statistics, Humboldtallee 32

13:30-16:30         Practical part: ChIP-Seq Analysis (Maksims Fiosins)

This 3-day course will take place from 21, 22 and 23 November 2022 at

[Computer Pool of the Dpt. of Medical Statistics, Humboldtallee 32][1]

[(Raum: 00-150/00-151][1])

Prof. Dr. Tim Beißbarth: Tim.Beissbarth@med.uni-goettingen.de

Dr. Nico Posnien: nposnie@gwdg.de



Important:

Once participation has become binding after the signing-out period, cancellation is only possible via the GGNB or GAUSS Office with a) sick certificate, or b) statement by supervisor for scientific reasons. If you do not provide this, you will be excluded from courses for the next 12 months, as well as travel grants and other financial support. No exceptions.

By signing up you agree (1) to carefully check whether you will be able to attend the course (do not register for 2 courses taking place on the same dates - the above mentioned sanctions apply!), (2) to frequently check your student e-mail account, as all information on courses will exclusively be sent to that account; (3) that your name and e-mail address may be forwarded to the course instructor(s) for communication before and after the course; (4) to complete the course evaluation; (5) inform us if you no longer wish to maintain a waiting list position.

[1]: https://lageplan.uni-goettingen.de/?ident=4395_1_EG_0.150

Anmelderegeln

Diese Veranstaltung gehört zum Anmeldeset "GGNB_Methods_2022_WiSe_September_November".
You can register and sign out for methods courses in November 2022 from 1-20 September 2022. The slots will be assigned around 25 September 2022.
In exceptional circumstances, you can still sign out until 30 September 2022.
Your participation becomes binding on 1 October 2022. Thereafter, cancellation is only possible via the GGNB Office with a) sick certificate, or b) statement by supervisor (for scientific reasons). If you do not provide this, you will be excluded from courses for the next 12 months, as well as travel grants and other financial support.

By signing up you agree (1) to carefully check whether you will be able to attend the course (do not register for 2 courses taking place on the same dates – the above mentioned sanctions apply!), (2) to frequently check your student e-mail account, as all information on courses will exclusively be sent to that account; (3) that your name and e-mail address may be forwarded to the course instructor(s) for communication before and after the course; (4) to complete the course evaluation.
Folgende Regeln gelten für die Anmeldung:
  • Es wird eine festgelegte Anzahl von Plätzen in den Veranstaltungen verteilt.
    Die Plätze in den betreffenden Veranstaltungen wurden am 30.09.2022 um 23:59 verteilt. Weitere Plätze werden evtl. über Wartelisten zur Verfügung gestellt.
  • Mindestens eine der folgenden Bedingungen muss zur Anmeldung erfüllt sein:
    • Studienfach ist Biologische Diversität und Ökologie
    • Studienfach ist Neurowissenschaften
    • Studienfach ist MolecularPhysi oftheBrain
    • Studienfach ist Microbiology-Biochemistry
    • Studienfach ist Materialforschung Holz
    • Studienfach ist IRTG 2172 - PRoTECT
    • Studienfach ist SensoryMotor Neuroscience
    • Studienfach ist BioNutz-MolwissBiotechnol
    • Studienfach ist Computer Science -PCS-
    • Studienfach ist Umweltinformatik
    • Studienfach ist Geography
    • Studienfach ist Psychologie
    • Studienfach ist Chemie
    • Studienfach ist Emerging Infect. Diseases
    • Studienfach ist Catalysis Sust.Synt.CaSuS
    • Studienfach ist MolecularBiology of Cells
    • Studienfach ist Molekulare Biologie
    • Studienfach ist MetalSites i.Biomolecules
    • Studienfach ist Environmental Informatics
    • Studienfach ist Mathematical Sciences
    • Studienfach ist Molekulare Medizin
    • Studienfach ist Geographie
    • Studienfach ist Geoscience
    • Studienfach ist Behavior and Cognition
    • Studienfach ist Theoret Computat Neurosci
    • Studienfach ist Environmental Informatics
    • Studienfach ist Physik
    • Studienfach ist Biomol:Struc-Func-Dynamic
    • Studienfach ist PhysicsBiologComplexSyste
    • Studienfach ist Cardiovascular Science
    • Studienfach ist Genome Science
    • Studienfach ist Genes in Development, Disease and Evolution
    • Studienfach ist Systems Neuroscience
    • Studienfach ist Biologie
  • Die Anmeldung zu maximal 2 Veranstaltungen des Anmeldesets ist erlaubt.
  • Mindestens eine der folgenden Bedingungen muss zur Anmeldung erfüllt sein:
    • Abschluss ist Promotion Cotutelle
    • Abschluss ist Promotionsstudiengang
    • Abschluss ist Promotionsprogramm
    • Abschluss ist PromStudiengang Cotutelle
    • Abschluss ist Promotion m.Abschlussprfg
    • Abschluss ist PromProgramm Cotutelle
  • Die Anmeldung ist möglich von 01.09.2022, 00:00 bis 20.09.2022, 23:59.
Veranstaltungszuordnung:

Anmeldemodus

Die Anmeldung ist verbindlich, Teilnehmende können sich nicht selbst austragen.